Rắn hổ mang rừng rậm được phân loại dưới chi Naja, thuộc họ Elapidae. Chi sinh học này do Josephus Nicolaus Laurenti mô tả lần đầu vào năm 1768.[13] Loài Naja melanoleuca được mô tả lần đầu bởi Edward Hallowell vào năm 1857.[2] Chi Naja được phân thành nhiều phân chi dựa vào những yếu tố khác nhau, gồm có hình thái, chế độ ăn uống và môi trường sống. Naja melanoleuca là thành viên thuộc phân chi Boulengerina, cùng với ba loài khác: Naja annulata, Naja christyi và Naja multifasciata. Phân chi được hợp nhất do giới hạn của chúng tại rừng rậm miền trung và tây châu Phi hoặc sinh cảnh giáp ranh rừng rậm. Rắn cũng sống dưới nước và kiếm ăn nhiều hơn những loài thủy sinh khác. Tuy nhiên, những loài thuộc phân chi Boulengerina thể hiện sự đa dạng rất lớn về kích thước, độ dao động từ rắn hổ mang rừng rậm (Naja melanoleuca) có thể đạt chiều dài 2,7 mét (8,9 foot) đến rắn hổ mang đào hang (Naja multifasciata) có chiều dài phát triển không lớn hơn 0,8 mét (2,6 foot). Biểu đồ dạng nhánh bên dưới minh họa sự phân loại và mối quan hệ giữa những loài thuộc chi Naja:[14]

Các cá thể ở São Tomé gần đây được mô tả là một loài mới có tên N. peroescobari[15] và một nghiên cứu gần đây dựa vào DNA ty thể đưa ra giả thiết rằng N. melanoleuca thật ra có thể gồm năm loài riêng biệt:[16]

• Naja melanoleuca Hallowell 1857 - các khu rừng Trung Phi: Bénin, Nigeria, Cameroon, Cộng hòa Trung Phi, Gabon, Cộng hòa Dân chủ Congo, Cộng hòa Congo, Angola.
• Naja subfulva Laurent, 1955 - rừng và rừng savan ở phía đông, nam và trung tâm châu Phi: Chad, Nigeria, Cameroon, Cộng hòa Trung Phi, Cộng hòa Dân chủ Congo, Cộng hòa Congo, Rwanda, Burundi, Uganda, Kenya, Tanzania, Somalia, Nam Sudan, Ethiopia, Mozambique, Malawi, Zambia, Zimbabwe, Nam Phi, Angola
• Naja peroescobari Ceríaco et al. 2017 - São Tomé.
• Naja guineensis Broadley et al. in Wüster et al. 2018 - Rừng Thượng Guinea của Tây Phi: Guinea-Bissau, Guinea, Liberia, Sierra Leone, Bờ Biển Ngà, Ghana, Togo.
• Naja savannula Broadley et al. in Wüster et al. 2018 - VÙng Savan của Tây Phi: Senegal, Gambia, Guinea, Liberia, Sierra Leone, Bờ Biển Ngà, Ghana, Togo, Benin, Mali, Burkina Faso, Nigeria, Niger, Chad, Cameroon.